A história de Mafra tem uma forte ligação com Rio Negro, pois as duas cidades faziam parte de um único município.

Segundo o historiador Sandro Moreira, Mafra nasceu após um acordo de limites em 1916 que colocou fim à Guerra do Contestado, conflito armado causado pela disputa de terras entre Santa Catarina e o Paraná.

Mafra foi instalada em setembro de 1917 e seu superintendente foi Vitorino de Sousa Bacelar, considerado o primeiro prefeito do município.

A região de Mafra tem a diversidade cultural como uma de suas principais características. As terras eram inicialmente habitadas por indígenas da tribo Xokleng e com o tempo, passaram a receber colonizadores portugueses vindos de São Paulo, bucovinos que impulsionaram a agricultura no município, alemães que marcaram Mafra por suas grandes construções e sírios libaneses que fortaleceram o comércio da região.